หลักการของการรักษาด้วยคลื่นไมโครเวฟคือ การใช้เข็มเจาะพิเศษสอดเข้าไปในบริเวณที่เป็นโรค โดยอาศัยการนำทางด้วยอัลตราซาวนด์ ซีทีสแกน เอ็มอาร์ไอ และคลื่นแม่เหล็กไฟฟ้า จากนั้นแหล่งกำเนิดคลื่นไมโครเวฟที่อยู่ใกล้ปลายเข็มจะปล่อยคลื่นไมโครเวฟออกมา ทำให้เกิดอุณหภูมิสูงประมาณ 80 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 3-5 นาที และทำลายเซลล์ในบริเวณนั้น
วิธีนี้สามารถทำให้เนื้อเยื่อเนื้องอกขนาดใหญ่กลายเป็นเนื้อเยื่อตายหลังจากการทำลายด้วยความร้อน ทำให้บรรลุเป้าหมายในการ "เผาทำลาย" เซลล์เนื้องอก ทำให้ขอบเขตความปลอดภัยของเนื้องอกชัดเจนขึ้น และลดค่าสัมประสิทธิ์ความยากของการผ่าตัดลง นอกจากนี้ การทำงานของร่างกายและความพึงพอใจของผู้ป่วยก็จะดีขึ้นด้วย
ด้วยการพัฒนาอย่างต่อเนื่องของเทคโนโลยี เทคโนโลยีการทำลายเนื้อเยื่อด้วยคลื่นไมโครเวฟได้ประสบความสำเร็จอย่างมากในการรักษามะเร็งชนิดก้อน เช่น มะเร็งตับ มะเร็งปอด มะเร็งไต และอื่นๆ นอกจากนี้ยังประสบความสำเร็จอย่างที่ไม่เคยมีมาก่อนในการรักษาโรคที่ไม่ร้ายแรง เช่น ก้อนในต่อมไทรอยด์ ก้อนในปอดขนาดเล็ก ก้อนในเต้านม เนื้องอกในมดลูก และเส้นเลือดขอด และได้รับการยอมรับจากผู้เชี่ยวชาญทางการแพทย์มากขึ้นเรื่อยๆ
การรักษาด้วยคลื่นไมโครเวฟยังสามารถใช้ได้กับกรณีต่อไปนี้:
1. เนื้องอกไม่สามารถกำจัดออกได้ด้วยการผ่าตัด
2. ผู้ป่วยที่ไม่สามารถเข้ารับการผ่าตัดใหญ่ได้เนื่องจากอายุมาก ปัญหาหัวใจ หรือโรคตับ รวมถึงผู้ป่วยที่มีเนื้องอกแข็ง เช่น เนื้องอกในตับและปอด
3. การรักษาแบบประคับประคอง เมื่อการรักษาด้วยวิธีอื่นไม่ได้ผลดีเท่าที่ควร การใช้คลื่นไมโครเวฟในการทำลายเนื้องอกจะช่วยลดปริมาณและขนาดของเนื้องอกเพื่อยืดอายุของผู้ป่วย